Построение онтологий - сложный и занимающий много времени процесс. Чтобы облегчить его, в середине 90-х годов начали создаваться первые среды для процесса разработки онтологий. Они обеспечили интерфейсы, которые позволили выполнять концептуализацию, реализацию, проверку непротиворечивости и документирование. За последние годы число инструментов онтологий резко возросло (сайт консорциума W3C, например, предоставляет список более чем 50 инструментов редактирования).

1. Система Ontolingua была разработана в KSL (Knowledge Systems Laboratory) Стенфордского университета и стала первым инструментом инженерии онтологий. Она состоит из сервера и языка представления знаний.

2. Protégé - локальная, свободно распространяемая Java-программа, разработанная группой медицинской информатики Стенфордского университета (первая версия - 1987). Программа предназначена для построения (создания, редактирования и просмотра) онтологий прикладной области. Её первоначальная цель - помочь разработчикам программного обеспечения в создании и поддержке явных моделей предметной области и включение этих моделей непосредственно в программный код. Protégé включает редактор онтологий, позволяющий проектировать онтологии разворачивая иерархическую структуру абстрактных или конкретных классов и слотов. Структура онтологии сделана аналогично иерархической структуре каталога. На основе сформированной онтологии, Protégé может генерировать формы получения знаний для введения экземпляров классов и подклассов. Инструмент имеет графический интерфейс, удобный для использования неопытными пользователями, снабжен справками и примерами.

3. OntoEdit  первоначально был разработан в институте AIFB (Institute of Applied Informatics and Formal Description Methods) Университета Karlsruhe выполняет проверку, просмотр, кодирование и модификацию онтологий. Так же как и Protégé, OntoEdit - автономное Java-приложение, которое можно локально установить на компьютере, но его коды закрыты. Архитектура OntoEdit подобна Protégé.

4. OilEd - автономный графический редактор онтологий, разработан в Манчестерском университете в рамках европейского IST проекта On-To-Knowledge. Имеет понятный и интуитивный стиль интерфейса пользователя и преимущества поддержки рассуждения (обнаружение логически противоречивых классов и скрытых отношений подкласса).

В последнее время наблюдается рост популярности редактора OilEd. Он используется как для обучения, так и для исследования. Инструмент свободно распространяется по общедоступной лицензии GPL.

5. WebOnto разработан для Tadzebao - инструмента исследования онтологий и предназначен для поддержки совместного просмотра, создания и редактирования онтологий. Его цели - простота использования, предоставление средств масштабирования для построения больших онтологий.

Инструмент имеет ряд полезных особенностей: сохранение структурных диаграмм, раздельный просмотр отношений, классов, правил и т.д. Другие возможности включают совместную работу нескольких пользователей над онтологией, использование диаграмм, функций передачи и приёма и др.

6. Конструктор онтологий ODE (Ontological Design Environment), который взаимодействует с пользователями на концептуальном уровне. Мотивом для ODE послужило то, что людям проще формулировать онтологии на концептуальном уровне. ODE обеспечивает пользователей набором таблиц для заполнения (концептов, атрибутов, отношений) и автоматически генерирует для них код в LOOM, Ontolingua и FLogic.

7. KADS22 - инструмент поддержки проектирования моделей знаний согласно методологии CommonKADS. Онтологии составляют часть таких моделей знаний (другая часть - модели вывода). KADS22 - интерактивный графический интерфейс для CML со следующими функциональными возможностями: синтаксический анализ файлов CML, печать, просмотр гипертекста, поиск, генерация глоссария и генерация HTML.